這是一個始於遠古，人類種統一前發生的故事…… 為了爭奪統治世界成為唯一的神，各種族展開了漫長的大戰。在各種擁有高度靈力和戰鬥力的種族之間，人類成了最弱的種族，必須要逃避其他種族的追殺，面臨存亡危機之秋。人類種的年輕領袖里克，每天都心力交瘁、疲於奔命。直到某一天里克在森精種的遺跡遇見了機凱種少女休比。

休比為了研究人類的「心」，導致出現了系統故障而被同伴遺棄。為了修復自己的故障，休比請求里克告訴她什麼是「心」，然而在發掘心的過程中，卻發生了令他們彼此以及整個世界都意想不到的事…… 這是一段距今六千多年前的故事，不存在任何紀錄或記憶之中，此刻即將拉開帷幕。