故事背景設於江戶時代，一種只有男性會感染的怪異傳染病，蔓延其中，導致男性人口急速減少，整個社會，更是性別勢力逆轉，形成了大眾始料未及的母權社會。 此時，一個名叫水野祐之進（二宮和也 飾）的男孩誕生了，這個男孩從小相貌清秀、端正，長大後，俊美的他成為了一名武士。為了振興家業，他來到了後宮「大奧」，這裡，正是由三千美男服侍女將軍的華麗皇宮。 在這不久之後，經歷激烈的家族內鬥的德川吉宗（柴崎幸 飾），繼任為德川第八代女將軍，而滿腔熱血與理想的她，就此大力展開政治改革。而文武表現與外貌均出眾的水野，自然大獲吉宗寵愛。然而，其他看在眼裡、恨在心裡的眾美男，又會對水野施以何種手段呢？