「因為我決心要成為妳心目中的正義使者。」少年不再逃避真相。為了拯救少女、為了貫徹自己選擇的正義。魔術師〈御主〉與英靈〈從者〉以萬能許願器「聖杯」為中心，展開的戰鬥——「聖杯戰爭」。這場戰爭的本質已然扭曲，間桐臟硯企圖利用櫻來完成自己的夙願。間桐櫻與自己犯下的罪孽，沈淪幽深的黑暗中。

發誓要保護櫻的衛宮士郎，為了終結「聖杯戰爭」和遠坂凜聯手投身於慘無人道的戰爭中。另一方面，深知這場戰爭真相的伊莉亞・馮・艾因茲貝倫也挺身面對自己的命運...... 少年力抗迎面而來的狂風，挑戰命運， 他的心意，少女是否能了解？迎向終局的「聖杯戰爭」——。最後之戰，即將揭開序幕。