原本小新和家人一起過著刺激又和平的日常，某天，一名自稱「屁祖隱千代女」的女性造訪了野原家，還帶來了一個爆炸性的消息，她說自己才是新之助真正的母親，小新其實並不是野原家的小孩？同時她身邊帶著一位名叫「珍藏」的 5 歲少年。

當天晚上，千代女與珍藏留宿在野原家中，但是某個不知名的忍者軍團卻襲擊了野原家，這才爆出「千代女」的真實身份，是一名從忍者村逃脫的女忍者，忍者軍團追捕她的同時，認為小新就是千代女的兒子，兩人就這麼一起被抓走！

同時在忍者村裡，屁祖隱家以代代相傳的「幽靈之術」守護著封印地球能量的「地球肚臍」，假如地球肚臍的能量外洩，地球就會枯萎並停止自轉，全世界都再也無法迎接明天的到來，忍者村此時正面臨著這個重大危機！

但是，被忍者軍團抓走的小新，真的就是千代女的兒子「屁祖隱新之助」嗎？忍者村守護的地球肚臍到底遭遇到什麼危機？被捲進混亂事件的野原一家，真的能齊心協力、揭開真相，守護地球的明日嗎？