延續前三部的故事情節，包恩在《神鬼認證：最後通牒》的行動已經對其他計畫帶來了曝光的重大危機，幾十年來培養優秀間諜和殺手的研發事業面臨被摧毀的命運。

亞倫克洛斯（傑瑞米雷納 飾）是成果計畫的六個探員之一，該計畫的探員是被培養和訓練來讓國防部運用的，他們不但是殺手，還能獨自進行高風險的長期情報任務。瑞克拜爾上校（艾德華諾頓 飾）是國家研究評估中心的政府後防機構主管，絆腳石計畫的失敗暴露出他手下兩位醫學主管之間緊密的合作關係，拜爾不得不將成果計畫犧牲掉，除掉每個涉入計畫的人。瑪塔雪林醫生（瑞秋懷茲 飾）的實驗室所研發出的突破性技術造就了成果計畫，她的工作內容包括監控偶爾來到實驗室作檢查的探員們。她忽視自己工作職責的道德衝突，但在整個計畫即將被消滅並威脅到她的生命安全時，她便被迫面對自己所做所為的道德問題，同時奮力求生存。隨著劇情展開，亞倫克洛斯是否能夠扭轉頹勢，設法逃出CIA的監控，躲過拜爾上校的猛烈追殺？