一切從Zero開始... 皇歷2017年。神聖不列顛尼亞帝國佔領了日本。日本改名為「11區」，日本人則被稱為11。被剝奪了國名與自由後就這樣過了7年的歲月。

神聖不列顛尼亞帝國王子魯路修以人質的身分被送來日本，他隱瞞了自己的真實身分，過著普通學生的生活。某天，他偶然地被捲入反抗組織和神聖不列顛尼亞帝國的戰鬥，在那裡他與神祕少女C.C相遇，並從她身上得到名為Geass的絕對遵守之力，此後魯路修以戴假面的反叛者Zero身分，率領著反抗神聖不列顛尼亞帝國的反抗組織黑色騎士團，在暗中開始活躍。 另一方面，和他一同長大的青梅竹馬朱雀，雖身為11，卻以榮譽不列顛尼亞人的身分加入神聖不列顛尼亞帝國軍隊。後來被提拔為新型兵器蘭斯洛特的駕駛員，成為神聖不列顛尼亞帝國軍隊的重要人物。

Zero與朱雀，在不知道對方身分立場的情況下重逢。反叛的意圖，與友情相撞的兩難情境。現在，命運的齒輪即將轉動。