影片背景設定於狄仁傑入獄之前的故事，唐高宗與武則天（劉嘉玲 飾）不理會朝中群臣的反對，出兵攻打敵國，沒想到，水軍一出海就遇到奇怪的異常現象，幾乎在海上全軍覆沒；水軍惹怒了掌管海洋的龍王的流言便在民間四處流傳。 到大理寺報到、任職的那年，狄仁傑 30 歲，因故被扯進了水怪劫擄案；後來，他解救了此案的受害者、名「花魁」睿姬，並發現睿姬的過往情人元稹和水師翻覆案有所關聯。於是，狄仁傑便和沙陀與尉遲合夥偵辦此案；在過程中，城內的皇室家族已有八到九成的成員中了蠱毒，正處於整個家族毀滅崩塌的危險邊緣……。 雖然，少年狄仁傑當時的智慧與判斷力已經相當驚人，還搭配了醫術高明的沙陀以及擅長武術的尉遲，然而，三人的組合最終真的能夠拯救眾人、免於危難嗎？