故事延續上一集《駭客任務》的劇情，機械大軍正在集中全力，準備入侵隱藏在地底的人類最後都市「錫安」，另一方面，錫安的人民相信莫斐斯找到的這個救世主「尼歐」將會應驗祭師的預言，終止人類與機器之間的戰爭，但是卻沒有人知道，這位救世主正被他自己的夢境所苦惱。母體發現人類最後的堡壘城市錫安，原來藏在接近地球核心的深處，而人類只剩七十二小時能阻止幾千艘狀似烏賊的巡邏艦大舉進攻。他們的唯一希望就是找到一名被稱為 “關鍵人物” 的神秘人物，而他則是受到一對耍彈簧刀的大壞蛋 “雙胞胎” 看守，這對白子雙胞胎殺手擁有如鬼魂般的隱形能力。肩負維繫人類存亡的重要任務，尼歐將會遇到更大的阻撓與挫折，他想像不到的命運選擇也阻擋在他的面前。一切正如先知所說的，你不是來這裡做選擇，你早已經作出選擇了，你只是來這裡了解自己為何會做出這樣的決定。萬一他選錯了呢？