故事描述1963年的橫濱，正是舉辦東京奧運的前一年；日本政府為了迎接奧運的到來，打算將老舊的建築拆除以美化市容。港口附近的港南高中社團大樓「拉丁區」因為過於老舊，即將面臨被拆除的命運。 住在港口附近的高二女生松崎海與家人經營看海民宿，因為爸爸失蹤，媽媽出國，身為長女，小海一肩扛起照顧寄宿房客與家人的大小事；而且不論颳風下雨，小海都執著的在院子裡升上象徵「航海平安」的旗幟，希望在海上失蹤的父親，可以看到旗幟安全歸來。
在港南高中，學生風間俊發起了校內抗爭運動，希望可以維護傳統，讓「拉丁區」大樓免除被拆除的命運。在因緣際會下，小海與風間俊有了初次接觸，之後倆人在慢慢地互動下，逐漸對彼此產生好感。某一天風間俊來到小海家中，無意間發現一張小海父親的照片，讓他意識到自己與小海可能有某種血緣關係。