故事的起點是2095年，魔法不再隱晦而虛無縹緲，早就被廣泛運用在科學技術層面，魔法變成人人都想學習的能力，所以各國都有多所學校致力培養魔法師。其中司波達也與司波深雪這對兄妹一同進入「國立魔法大學附屬第一高中」，哥哥達也被認為是劣等生，而妹妹深雪則是耀眼的優等生，但兄妹倆毫不在意這樣的說法，因為哥哥明白自己是強者，而妹妹對兄長則抱有仰慕的敬意，伴隨著兩人的入學，平穩的日常生活開始變得波瀾萬丈，兩人的關係也悄悄改變……。

時日遷移，魔法科高中的第二個春天悄悄來臨。達也與深雪利用春假，來到了小笠原諸島的別墅度假，悠閒愜意之際，兩人卻遇到了從海軍基地脫逃的少女「九亞」，少女將願望託付給最強的劣等生達也，希望達他能幫助她解救困在基地裡的同胞。少女的身分是什麼呢？又為何逃跑？伴隨著一幕又一幕驚心動魄的戰鬥畫面，幕後指使的的身影隱隱綽綽浮上檯面，司波達也要如何以他王牌戰略級魔法師的身分保護妹妹深雪及九亞等人？