不久的將來，也許就是明天，1 億 2000 萬日本人將面對他們最大的噩夢！有一個人，他必須在末日毀滅的倒數下，向上帝借時間，拯救他心愛的女人，和他所愛的土地生靈…。 位於富士火山帶的靜岡縣駿河灣海域，突如其來地發生芮氏7級強震，在地震引發的大爆炸意外中，消防救難員阿部玲子（柴崎幸 飾）與潛艇駕駛員小野寺俊夫（草弓剪剛 飾），奮不顧身地救出身陷火海的孤女美崎。這場災難讓三人的命運就此羈絆一起，而日本存亡的命運，更與他們三人緊緊相繫。 不尋常的駿河灣強震，引起地質學家田所博士（豐川悅司 飾）注意，並與深海研究潛艇駕駛員小野寺合作，深入日本海溝調查。 田所發現海底地殼正在劇烈變動，而這竟然是太平洋板塊將發生斷裂浩劫的前兆！他在電腦模擬運算推斷下，九州的斷層帶已岌岌可危，將引發阿蘇活火山爆發，連鎖反應下，更大的強震海嘯會波及全國，海底斷層逐漸能量瓦解，造成陸沈巨變。最後，休眠三百年的富士火山一旦爆發，日本列島將完全沈沒，寸土不留！更可怕的是，從完全沈沒日倒數，只剩一年不到的 338.54 天。 田所博士在各國專家齊聚的官方緊急會議中提出上述警告，卻被資深地質學權威斥為無稽之談。

然而，各地的強震、海嘯、火山等，一如田所的預言般排山倒海而來，日本首相終於正式向全國宣佈此空前浩劫，並向國際求援，展開連串海外疏散行動。 正當災難到處發生，災民爭相逃命之際，玲子決定堅守救難員崗位，能救一個算一個，與土地共存亡。另一廂的小野寺更不願坐以待斃，他毅然加入田所博士的祕密研究行列，駕著深海研究潛艇，深入8000公尺以下的危險海域調查。 在末日倒數下，小野寺懷著對玲子、美崎所許的承諾，茫茫深海中，他必須找出阻止地殼變動的上帝之鑰。1 億 2000 萬日本人所期待的奇蹟，全繫在他一人身上。