日暮籬是個普通的國三學生，同時是神社的女兒。她在十五歲生日的那天突然闖入了時光隧道，回到了五百年前的日本戰國時代，並與被封印於神木的半妖「犬夜叉」相遇。當時犬夜叉正打算靠「四魂之玉」的力量，讓自己成為真正的妖怪。但是什麼事都不知道的阿籬，不僅解除了犬夜叉的封印，還打碎了四魂之玉。為了從眾多的妖怪手中搶回四魂之玉的碎片，犬夜叉一行人開始了他們的旅程……。此時從被稱為「不歸林」的森林中發出了一陣陣的詭異妖力。被犬夜叉的父親擊退，並被封印於這座森林的妖怪軍團首領之子「瑪瑙丸」，背負著一族的怨念重新復活！他為了達到完全復活，並取得更強的妖力，於是便率領兩名美少女妖怪「琉璃」與「玻璃」，對犬夜叉一行人展開攻擊……。