世界上五分之四的人都擁有名為「個性」的超能力，這樣的「個性」能力就有人拿來為非作歹，當然也有以這樣的「個性」能力來捕捉壞蛋們的英雄。不過，一名天生沒有「個性」的少年綠谷出久，從小卻憧憬成為英雄，所以進入了培育英雄的雄英高校就讀。

《電影版我的英雄學院：兩個人的英雄》故事描述，結束了激烈的期末考，雄英高中的學生們正為了夏天的林間集訓做準備。出久跟歐爾麥特接受了某人的招待，造訪了漂浮在海上的巨大人工移動都市「I.ISLAND」，島上聚集了世界的菁英科學研究學者。「I.ISLAND」這座島可以說是科學界的好萊塢。

在展示個性及英雄道具等研究成果的I.EXPO開展期間，出久邂逅了一位「無個性」的少女梅莉莎。於是出久忍不住將過往「無個性」的自己重疊在梅莉莎身上。就在此時，島上引以為傲、銅牆鐵壁的保全系統突然遭到敵人駭入，島上的所有人都被捉起來當人質了！ 現在，可能足以撼動英雄社會結構的「某個計劃」開始啟動！ 而掌握關鍵的，就是「和平的象徵」歐爾麥特。