故事設定在一個人類與人工智慧共存的世界，主角「或人」是 AI 公司的第二代社長，有一天，當或人去公司時，他們發現公司全是 Humagia，整個世界都由 Humagia 主導。 人類陷入了危機，為了查明真相，他要怎樣與 ZI-O 聯手出擊？

「......別忘了夢想，繼續奮鬥吧。」

或人一醒來，映入他眼簾的不是平時的日常風景，而是搭載人工智慧的人型機器人 Humagear 統治下的世界......！而且他的社長職位也被 Humagear 威爾奪走了。在 Humagear 抹殺人類的行為越演越烈時，出現在他面前的是照理來說應該已經失去身為假面騎士的記憶，以學生身分生活的莊吾、月津、月讀，而且連沃茲都現身了。為了奪回原本的世界，或人跟莊吾一行人一起穿越時空回到 12 年前的世界。在那裡等著他的是，研發了名為「假面騎士 1 型」的兵器，為了守護 Humagear 而戰的父親 Humagear 其雄，還有神秘的時劫者菲妮絲。

為什麼其雄會變身成假面騎士 1 型呢？菲妮絲真正的目的又是什麼──。他們要怎麼恢復扭曲的世界呢！？隱藏在 ZERO-ONE 誕生背後的、親子的〝夢想〞故事現在正要上演──。