通過醫療改革，在未來的東京，人類基本可達到無病長壽的境界。於人體內植入芯片，利用網路對此進行管理的「S.H.E.L.L.殼層」，在激進的科技發展下，「殼層」已完成了究極的進化。受傷和生病都能透過對芯片的干預並統一治療，這種看似安穩的社會體制實則危機四伏，貧富差距，消極厭世，環境污染！

在這種情況下，一種代號為「人間失格」的特殊現象突然產生，人會毫無預兆地變為具有攻擊性的怪獸，而政府在秘密絞殺怪獸的同時，暗中調查「人間失格」現象的起因。某日，典型消極厭世青年大庭葉藏捲進紛爭，親眼見到了摯友「人間失格」化，自己也一度變為怪獸，親手殺死了變化後的朋友，在即將被政府武裝絞殺的時候，被來自神秘組織澀田機關的少女柊美子及時救下，並被她稱為「第三入選者」。

葉藏開始面對自己一直想要遺忘的過去，並逐漸撥開圍繞著「人間失格」化、澀田機關和政府舉辦的「第一次人生合格式」的層層迷霧，挖掘出隱藏在波詭雲譎的局勢下，人類即將迎來再生或滅亡，正在走向文明進化分叉口的真相。