20 世紀最後一個夏天。那天人類發現操控地球的不只有自己 ─── 由於巨大生物「怪獸」的出現，驅逐這些怪獸之怪物「哥吉拉」也現身了。「怪獸」與「哥吉拉」纏鬥了半世紀，人類不斷受到波及，最後只好計畫離開地球，遠離這場無盡的戰爭。2048 年，只有中央政府管理下的人工智慧所挑選出的受選者們，可以乘搭恆星間移民船，移居至距離地球 11.9 光年遠的「天倉 e 星」。然而，在長達 20 年的旅程後，到達這顆星球的人類發現這裡的居住環境條件，比當初評估的更為惡劣，難以讓人類在此安居。

另一方面，也搭乘了移民船的青年晴生，他在 4 歲時曾目睹雙親遭哥吉拉殺害，因此這 20 年來他不斷地想要回到地球打倒哥吉拉。當得知星球難以居住後，晴生遂成為移民團中主流的「回歸地球派」的中心人物，並決定進行危險的長距離亞空間航行重返地球。然而，當他們回到地球時，地球已經過了兩萬年，成為一個以哥吉拉為地面生物系頂端的未知世界。究竟人類能否奪回地球呢？而晴生的命運是？