約翰漢蒙為了繁衍絕種的恐龍，在一座小島使用化石殘留的遺傳基因，成功繁殖出各種恐龍，並在島上興建一座主題樂園侏羅紀公園，但是他原先的美意卻嚴重失控，霸王龍和迅猛龍群起攻擊島上的人類，並造成多人慘死，八年後，波多黎各政府設法將島上的恐龍全數消滅，並將這座世界僅有的恐龍棲息地全面封鎖，不准任何人踏上小島一步。

但是四年後，現在以大自然保護者自居的漢蒙卻透露，另外有一座小島被做為培育古代恐龍的第二實驗地點，雖然當地的情況一度被控制住，但是在一次大風暴侵襲實驗室之後，這些兇猛的史前掠食動物逃到野外，而令人意外的是，這些恐龍找到生存的方法，並在這個完美的生態環境裡持續繁衍。　

如今又過了四年，第一位造訪侏羅紀公園的古生物學家艾倫葛蘭發現，在這第二座小島，被稱為失落的世界的索納島上，隱藏著更大的凶險……。