巨型不明生物「禍威獸」接二連三出現，牠們在日本已變得見怪不怪。普通的武器完全無法擊退牠們，幾乎束手無策的日本政府集結了對 付禍威獸的專家，成立「禍威獸特設對策室」，也就是簡稱為「禍特對」的特別應變小組。

主導任務的精銳成員包括：組長田村君男（西島秀俊 飾）、戰略規劃師神永新二（齋藤工 飾）、非粒子物理學家瀧明久（有岡大貴 飾）、生物學家船緣由美（早見朱莉 飾）。

就在禍威獸的危害升溫之際，大氣層外突然飛來一個銀色的巨人。禍特對小組加入專門負責巨人的分析官淺見弘子（長澤雅美 飾 ），她和神永組成搭檔行動。淺見的報告中寫著「超人力霸王（暫稱）、身分不明」......