邪惡的「分離主義者」(Separatist) 組織，一直想要獨自統治銀河世界，他們借著強大的勢力和永無休止的機器人軍隊侵入「銀河共和國」(Galactic Republic)，隨著無數的星球淪陷，成為黑暗勢力下犧牲者。 英勇的「絕地武士」(Jedi Knight) 歐比王肯諾比、尤達大師、安納金天行者（麥特蘭特 配音）與他的女徒弟亞蘇卡譚諾都站上火線迎戰，以維持宇宙秩序並恢復和平。 安納金天行者和絕地武士女弟子亞蘇卡譚諾發現他們的任務引發重大的後果，導致他們必須親自面對犯罪首領赫特族賈霸。同時，杜酷伯爵和惡毒的阿莎潔凡翠絲等邪惡同夥則不計代價地阻止「安納金」和「艾索卡」 的正義行動。 另一方面，歐比王肯諾比和尤達大師站在「複製人之戰」的前線，領導大群的複製人軍隊奮力對抗黑暗勢力……。