在被徹底探索殆盡的世界裡，名為「深淵」的大洞是碩果僅存的祕境。這個深不見底的巨大垂直洞穴中，不僅棲息著各種稀奇古怪的生物，還沉睡著現今人類所做不出來的珍貴遺物。「深淵」那處處充滿不可思議的神祕樣貌，吸引人們前仆後繼地前去冒險。漸漸地，大家開始將那些一次次挑戰大洞的冒險者們稱為「探窟家」。 孤兒莉可住在深淵四周的城鎮「奧斯」，她夢想著有朝一日成為和母親一樣偉大的探窟家，並一解深淵之謎。某天，她母親萊薩的白笛被人發現，讓莉可因此下定決心要潛入深淵的深處。而她撿到的失憶機器人雷格，也為了尋找自己的記憶而決定與她同行。 莉可在深界四層因為穿珠的毒而命在旦夕，拯救她的是名叫奈奈祈的慘劇終末。奈奈祈加入之後，三個人繼續前往彭多爾多所在的深界五層冒險。在那裡，他們遇見了名叫普魯修卡的女孩。由彭多爾多撫養長大的她對外界一無所知普魯修卡深深著迷於莉可的冒險故事，並希望能和莉可一起冒險，然而她卻慘遭彭多爾多利用，被拿來做實驗。 不過，普魯修卡後來改變形體，變成莉可的白笛，與她一同朝深界六層「不歸之都」前進。位在那裡的「慘劇終末村」，是擁有自己一套價值觀的慘劇終末們所生活的地方，而他們的公主法普妲也生活在那裡。在法普妲的「願望」之下，獲得解放的村子走向了毀滅。莉可一行人邀請法普妲加入旅途，繼續朝著深界七層邁進。