世界最大國的神聖不列顛尼亞帝國終於與黑色騎士團發生激烈地衝突，這正是魯路修、帶著面具的男子Zero所計畫好的。然而，唯一沒在魯路修計畫之內的人讓他感到困惑，那人便是他的妹妹娜娜莉。

第2皇子修奈傑爾與黑色騎士團接觸後，為了動搖魯路修在黑色騎士團中的地位，便將Zero的祕密告訴扇要與藤堂等人。 戰況越來越激烈、吞噬了眾人的憤怒及悲傷、執著與祈願。為了迎向未來，現在的我們究竟能做什麼？那便是零之鎮魂曲。被憎恨所填滿的舊時代即將被埋葬於過去，並且祈禱著全新的時代即將被拓展開來。

魯路修與朱雀兩人的故事即將迎接強烈衝擊的明日。 導演 谷口悟朗 透露劇場版三部曲的理念設定，第一部是《ZERO篇》、第二部是《朱雀篇》、第三部則是《魯路修篇》，「劇場版最終章將會讓觀眾感受到魯路修的強大和軟弱、真實和虛偽。」魯路修壯烈的革命即將走向盡頭。