擁有壓倒性的「記憶保持」的能力者淺井惠。他與「未來預知」能力者“魔女”接觸後，將咲良田的各種能力搭配起來，讓已經從這個世界消失的少女相麻菫得以復活。然而他同時發現驚人的真相。

「我就是第二代魔女。」 擁有「重啟」= 將世界倒流最大 3 天時間能力的春埼美空，面對相麻的復活，認為相麻比自己更適合站在惠的身邊，對於自己的存在意義感到疑惑和不安。「如果我失去了『重啟』的能力，惠和我的關係會有變化嗎——？」

另一方面，向來和平安全的咲良田，到處發生“能力失控事件”。管理局對策室室長・浦地正宗在監視、控制咲良田的能力者。其實，他正在進行他的計畫，企圖消除咲良田居民的超能力。

「重啟咲良田——讓咲良田神聖的重生」淺井惠透過相麻留下的各種提示，了解到咲良田如何成為能力者的城市，揭發創造“管理局”的背景，解開『創始的第一年』的秘密。而浦地正宗則不擇手段，想奪走所有人的記憶，進而消除咲良田居民的超能力。而最終只剩擁有「記憶保持」能力的淺井惠，能保住這些記憶。惠向春埼美空發誓會為她奪回能力。

「我喜歡咲良田的能力。就像，看到傷心掉淚的人就會使用『重啟』的妳」 在淺井惠的引領下，相麻菫、中野智樹、村瀨陽香、岡繪里等齊聚一堂，加入他的作戰。這樣，浦地企圖的咲良田改革、2 年前相麻從世界消失的理由等種種事情，終於真相大白。為了無可替代、對自己至關重要之人的“幸福結局”， 為了咲良田的未來，他們的“最後聖戰” 要即將開始——。