「如果有人傷心掉淚，那時候我就會使用『重啟』」。一半以上的居民都擁有特殊能力的城市「咲良田」。每個居民的能力都受到城市的公家機關「管理局」謹慎監督、控制。 淺井惠是擁有「記憶保持」能力的男高中生。與惠並肩攜手的春埼美空能將世界倒流最大 3 天的時間 =「重啟」能力。

雖然「重啟」之後春埼自己也會因此失去這期間的記憶，但是惠的「記憶」絕對不會受到「重啟」影響，所以兩個人一起就可以將世界倒流最大 3 天的時間，並重新來過。但是，他們也有無法挽回的“過去”。那是 2 年前因為受「重啟」的影響，意外去世的同班同學相麻菫的事情。惠一直想透過咲良田的各種能力者讓相麻復活。

有一天，惠在參加他們所屬的“服務社”= 高中志願活動的過程中，認識佐佐野。佐佐野原來擁有「進入照片裡」的能力，卻被管理局奪走能力。惠在幫他奪回能力的過程中認識到被管理局幽禁「未來預知」的能力者“魔女”。然而，後來又出現敵視管理局擁有「消除東西」的能力者村瀨陽香，以及對惠有憎恨和尊敬複雜情感，且擁有「記憶操作」能力的岡繪里，奪走了春埼美空的「重啟」能力。

村瀨陽香和岡繪里二人想把“魔女”帶出，企圖利用其「未來預知」的能力，因而向惠提出交還「重啟」能力的條件，要求重現“到魔女的房間的地圖”。另一方面，失去「重啟」能力的春埼害怕惠不再需要自己...... 在看起來沒有任何連結的這些事情中，惠卻發現相麻復活的可能性。

於是跟春埼以及擁有「傳遞聲音」能力的好友中野智樹等一起，對“管理局”進行戰略性的接觸。最後，相麻終於復活了...... 然而，淺井惠等人卻發現了一件驚人的真相。「我原先就有必須死亡的理由。這些都是必要的。」 其實，“相麻菫的復活”就是一切的“開始”——。