一群與生俱來就有特異功能的人士，在本身也具超人質量的X教授領軍之下，成立了一支共同維護地球和平的 X 戰警。由於 X 戰警表現突出，獲得喝采。此時，由另一特異功能人士──萬磁王，所領軍的邪惡戰警則開始在世界掀風起浪。

而一位反 X 戰警的美國參議員，則極力要促成政府將這些所謂超人控管，並煽動人類與戰警之間的衝突。X 教授（擁有舉世最強的心電感應能力）不願見到衝突擴大，所以集合充滿正義感的 X 戰警，希望能藉由 X 戰警保護人類免受邪惡戰警的威脅，進而能讓人類接受X戰警與其他善良的特異人士。

而誓死保衛人類的 X 戰警，將會發現他們在盡力保衛人類之時，人類也對他們也產生了極大的恐懼，雙方關係漸漸緊繃。再加上 X 戰警得面對金鋼狼一觸即發的脾氣，與萬磁王的到處殺戮，X 戰警陷入了進退兩難的重重危機中......